В режиме листинга каталога, веб-сервер Apache все равно может отображать файлы/папки в неправильной кодировке (предполагается, что имена файлов и каталогов заданы в UTF-8).

Чтобы исправить это, необходимо добавить в файл .htaccess следующий код:

IndexOptions +Charset=UTF-8